在期待碩果累累的同時，一些病蟲病害伺機作怪，對收成構成極大的隱憂。于是，消毒成為首當其沖的問題，消毒并不是單一的對土壤和作物消毒，那么，我們應該如何做好連棟溫室的消毒工作呢？
　　1.土壤消毒。針對土壤的病蟲害種類選用農藥，在定植前10天-15天進行。若枯萎病嚴重，可在畦面或溝面噴澆100倍-200倍的福爾馬林液，用薄膜覆蓋五天，等半月后藥劑就全部揮發完畢了，這時可播種、定植。若有地下害蟲可在土壤處理時加一定數量的殺蟲劑。
　　2.棚內消毒。在播種或定植前7天-10天進行棚內消毒。每立方米用四克硫磺、八鋸末克混合均勻，放在容器內燃燒，于在晚七點鐘熏煙密閉一天一夜。
　　3.溝塘消毒。如果枯萎病嚴重，可在完植前進行土壤消毒，也可以在定植溝塘內進行，每畝用50%托布津1.25千克或50%多菌靈0.75千克或70%五氯硝基苯1千克左右進行消毒。
　　4.工具消毒。這點通常被人們忽視，有些病害是通過作業工具的縫隙得以留存的，它們是連棟溫室病害傳播的幫兇。